神谷神社は川のほとりに建つ神社です。「神谷」という地名は、かつて谷で神々が集まって遊んだといわれることに由来します。国宝の本殿は石を積んで作った基壇の上に立ち、桁行３間、梁行２間の母屋から庇を伸ばし向拝（ごはい）としています。
目を引くのはなんといっても檜皮葺（ひわだぶき）屋根の豊かで美しい反りです。このように棟から正面に向かって、曲線的に屋根を伸ばす様式は流れ造りとよばれ、神谷神社のように母屋正面の柱間が三間のものは三間社流れ造りといいます。
神谷神社は棟木（むなぎ）に書かれた墨書銘から鎌倉時代初期の建築であることが明らかで、全国に数多く存在する三間社流れ造りの神社の中でも最古のものです。